Сюжет: Действие игры разворачивается сразу после поражения Советского Союза во второй части игры. Полковник Черденко, один из близких приближенных премьера Романова, приводит в действие секретный проект советской машины времени. В результате он попадает в прошлое, где благополучно уничтожает Эйнштейна, сделавшего решающий вклад в техническую мощь Альянса. Таким образом, все будущее вселенной Red Alert меняется: Черденко становится премьером вместо Романова, главнокомандующим советской армией вместо Владимира теперь является генерал Крюков, а советские войска уже захватили почти всю Европу и готовятся выбить Союзников из Англии. Однако неожиданно на горизонте появляется новый враг — Империя Восходящего Солнца, которая наносит внезапный удар по восточным границам СССР. В трех кампаниях соответственно за каждую сторону игроку предстоить определить дальнейшее развитие событий…